第十二师前身是1964年1月成立的乌鲁木齐西郊农场管理处，属自治区农垦厅管辖；

1970年4月，更名为乌鲁木齐市西郊垦区总场，划归乌鲁木齐市管辖；

1973年8月，更名为乌鲁木齐市西郊垦区管理处；

1976年2月，更名为乌鲁木齐市农垦局，成为乌鲁木齐市政府主管部门；

1982年4月，更名为新疆生产建设兵团乌鲁木齐农场管理局，划归兵团管辖；

2000年11月，更名为新疆生产建设兵团农业建设第十二师；

2012年12月，更名为新疆生产建设兵团第十二师。